У меня такое наблюдалось, но только после манипуляций с самими контактами.
То есть на одном телефоне сделал бекап контактов, перенёс на другой и появились пустые дубликаты.
Также появлялись пустые дубликаты после синхронизации телефонной книги, при подключении телефона к ПК, через приложение
MyPhoneExplorer. Других закономерностей появления пустых контактов выявить не удалось
А если снять галку с симки в вариантах отображения контактов , что будет отображаться ?
И ещё - В настройках поставьте галку на пункте "Только контакты с телефонами" - и не будет глаза мозолить....