Можете отформатировать С: в среде
WindowsRE
Но приготовьтесь в этом случае восстанавливать загрузку. Поштудируйте две статьи до этого:
Восстановление загрузчика Windows 7 вручную при помощи утилит bootrec.exe и bcdboot.exe
и
Восстановление совместной загрузки Windows 7 и Windows XP при переустановке одной из них
Вторая статья на первый взгляд не совсем по теме, но изложенная методика восстановления загрузки вполне подходящая.
Обязательно создайте
диск восстановления
А все эти танцы с бубном нужны потому, что на С: у вас файлы загрузки Windows, и, отформатировав раздел, вы их попросту убьете.