[sacredboy]

Вобщем, что было. Изначально HDD был нулевым диском, а добавленный SSD первым. При установке Windows 8.1 было два варианта:
1. Если разметить HDD до установки ОС, то система отказывалась устанавливаться на SSD. Как я полагаю это происходило из-за невозможности создать SYSTEM RESERVED раздел, на уже размеченном нулевом HDD.
2. Если HDD не размечать до установки ОС, то при установке система автоматически создавала SYSTEM RESERVED раздел на не размеченном нулевом HDD (что и происходило в моем случае).

Я решил это так. Отключил в БИОСе нулевой диск. Установил ОС на SSD (при этом SYSTEM RESERVED раздел был создан на том же разделе куда была установлена ОС). После установки ОС, в БИОСе опять включил нулевой диск, а в очередности загрузки выбрал SSD.