Я думаю, как-то так (PowerShell):
Скрытый текст
Код:

$sSourceFolder = "C:\Мои проекты\11\Source Folder"
$sDestFolder = "C:\Мои проекты\11\Destination Folder"
if(Test-Path -Path $sSourceFolder -PathType Container) {
if(Test-Path -Path $sDestFolder -PathType Container) {
Get-ChildItem -Path $sSourceFolder | Where-Object -Verbose -FilterScript { !$_.PSIsContainer } | ForEach-Object -Process {
$sSourceFile = $_
Get-ChildItem -Path $sDestFolder -Recurse | Where-Object -Verbose -FilterScript { !$_.PSIsContainer } | ForEach-Object -Process {
if($sSourceFile.Name -eq $_.Name) {
Copy-Item -Path $sSourceFile.FullName -Destination $_.DirectoryName -Force -WhatIf
}
}
}
} else {
Write-Host "Can't find destination folder [$sDestFolder]." -ForegroundColor Red
}
} else {
Write-Host "Can't find source folder [$sSourceFolder]." -ForegroundColor Red
}
Для реального копирования с замещением убрать «
-WhatIf».
P.S. Если правильно понял не озвученное «условие» как «одноимённые файлы».