Наблюдается ли проблема в другой учетной записи? Проверьте.
Попробуйте одну из таких программ переустановить, после проверьте поведение значка.
Denisoff, я попробую пояснить за ТС

Значки прячутся под стрелку, в список не отображаемых, вместо того, чтобы постоянно отображать значок в лотке. см. скриншот: значки из позиции 1 перемещаются в позицию 2 невзирая на явный запрет делать это.