[MakaBooka]

ftp сервера достаточно просто изолируют клиентов друг от друга (как правило - chroot'ом). судя по фразе "могу опуститься ниже" структура каталогов (а может и полностью Virtualmin) не соответствует вашим задачам, уточните в техсаппорте хостера. либо менять хостера, либо отказ от костылей и настройка непосредственно апача и фтп конфигами.