Я вот что подумал, когда создавал на резервном контроллере домена ставил роль сервера dns там вышло предупреждение, что делегирование dns этому серверу не будет назначено, мол если есть необходимость создайте вручную. Я это не стал делать, поскольку понял из контекста, что с моей структорой это лишнее, а вот при наличии нескольких сайтов или лесов это нужно.
Вот я и думаю, может быть в этом причина?