[K.A.V.]

"оставляет запись там где не нужно, и прописывает себя в установку компонентов" »

Ничего по этому поводу не скажу, т.к. создавал свою сборку несколько лет назад не знаю как там дела обстоят

nLite - кривой.. я им попользовался, а теперь мой Windows не делает (1.., 2.., 3.. - 186..) »

Кривые руки пользовались этой программой, вот и результат, о чем я вам выше сказал: не уверены - не трогайте файлы дистрибутива, т.к. всё в системе взаимосвязано, может, первое время вы не заметите отличия в функционале, а потом начнут проявляться разнообразные непонятные ошибки при использовании/установке софта/игр и т.д.
У меня лежит дистрибутив, в котором тоже что-то вырезано (уже не помню, что именно), но он остался работоспособным и глюков я в нём не нашел, пока пользовался, и делал я его исключительно для себя, зная точно, какие мне компоненты не нужны

и Petya V4sechkin Автор проекта "UpdatePack-XPSP3-Rus" в описание пакета написано что не рекомендовано использывать nLite. »

Я вам и не рекомендую, я просто привел пример того, чем можно вырезать что-то из дистрибутива
Попросите Petya V4sechkin, как более опытного в этом вопросе, чтобы он подробно вам рассказал, почему он не рекомендует его использовать и сделайте свои выводы. Я в детали модификации дистрибутивов не вникал, поэтому бОльшего сказать на эту тему не могу