Конструктивная критика зачастую полезна.
Рандом обрезал потому что не помнил сколько цифр он выдает, а со скобками действительно косяк нарисовался, в самом конце одну не выделил когда копировал.
Код:

@echo off
:r
set rnd=%random%
if %rnd% GTR 12500 (
GOTO :r
) ELSE (
set i=0
pushd c:\cookies
for /F %%F in ('dir /B /OD') do (
set /a i=i+1
if %%i == %rnd% (
copy Z:\Work\ready-profiles\%%~nF.ini C:\1.ini
copy Z:\Work\ready-profiles\%%~nF.conf C:\profile\modify.conf
GOTO :x
) ELSE (
exit /b 1)
:x
popd
exit /B 0))