Alexander_88, в пакетных файлах Ваши ссылки можно обрабатывать аналогично обработке путей файлов, то есть использовать модификаторы для выделения имени и расширения файла.
Код для первого варианта обработки:
Код:

@<"source.txt">"destination.txt" (for /f "delims=" %%i in ('more') do @echo.%%~nxi)
.
Код для второго варианта обработки:
Код:

@<"source.txt">"destination.txt" (for /f "delims=" %%i in ('more') do @echo.%%~ni)
.