Во-первых вы могли бы использовать более безопасный вариант замены экрана загрузки ОС - программу
BootSkin.
Во-вторых, по существу отвечаю, насколько мне известно, файл boot.ini непосредственно создается после установки системы и не храниться в открытом виде в каком бы то ни было каталоге.