Вариант с перемещением вроде как работает, но отсчёт начинается почему то с 2. Как исправить ?
Код:

outfile rename_enumerate-test.exe
Var /global n
Section
StrCpy $n 0
ClearErrors
FindFirst $0 $1 $EXEDIR\D\*.*
loop:
StrCmp $1 "" done
Rename "$EXEDIR\D\$1" "$EXEDIR\D1\$1"
Rename "$EXEDIR\D1\$1" "$EXEDIR\D1\0$n"
IntOp $n $n + 1
FindNext $0 $1
Goto loop
done:
FindClose $0
SectionEnd