Можно простым vbs. Пример:
Код:

Option Explicit
Dim oShell, retCode
Set oShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
retCode = oShell.Popup("Выключить компьютер?", 60, "Подтверждение выключения", 4 + 32)
Select Case retCode
case 6, -1
Dim objShell
Set objShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
objShell.Run "C:\WINDOWS\system32\shutdown.exe -s -t 0 -f"
case 7
WScript.quit(1)
End Select
Первое число, выделенное красным - это таймаут в секундах, второе - поменяйте на свои значения, которые у вас в батнике.
При выборе Нет выполнение скрипта будет прервано, при выборе Да - будет запущена команда выключения. Если в течение
60 секунд выбор не сделан, то будет произведено выключение.