[Sentryx]

Чтобы разбить по папкам мне надо скачать их все на ПК и обратно на ЯД закачать »

Хм, может я чего-то не понимаю, но там же есть простое перемещение выбранных файлов в любую имеющуюся папку. Причем, это можно делать как на сайте, так и в клиенте на ПК, в режиме синхронизации, в обоих случаях ничего перекачивать не придется. Например, создать в расшаренной папке новую с названием "Архив" и переместить в неё всё, кроме крайних версий. В итоге, "и волки сыты...".