В общем, докладываю. Диск2 клонировал успешно со второй операционной системы. С неё же просто скопировал нужные данные с диска1 новый диск. После перезагрузки система успешно загрузилась с нового диска, так как в настройках Acronis был выбран пункт сделать диск загрузочным. Всё оказывается проще: дело не в буквах диска при обращении к ним файла boot.ini в процессе загрузки, а в номерах подключениях их к плате. То есть новый физический диск 200 Гб стал disk0 в записях boot.ini, сместив исходной диск2. После отключения диска в 200 гб исходной диск D (№2) стал на своё место и система загрузилась с него. Всем спасибо за советы!
