[amillo]

Для того чтобы понять нужно ли вам задействовать режим AHCI для жестких дисков необходимо убедится, что ваш жесткий диск поддерживает технологию NCQ, если поддерживает тогда смело можете задействовать данный режим, что в целом благотворно скажется на производительности вашего SATA жесткого диска (повысит его быстродействие и снизит на него нагрузку, а значит продлит его жизнь). Рекомендую ознакомится с технологией NCQ, например на Википедии есть короткое и понятное ее описание. На работу дисков подключаемых через IDE данный режим никак не влияет.

ЗЫ: Стоит отметить, что в данном случае быстродействие будет заметно при использовании нескольких параллельно выполняемых задачах интенсивно нагружающих ваш диск. Тут как раз и раскрывается суть вашей проблемы и вашего вопроса. В синтетических тестах таких как HD Tune Pro вы как правило не уведите никакого увеличения производительности, так как данная технология раскрывает весь свой потенциал в многозадачных системах.