[ostapukr]

Решил для себя задачу установки рабочей папки через костыль start /d "папка".
Пример. Запуск PS 64/32.
Путь к приложению
%WinDir%\sysnative\cmd.exe
Ключи запуска
/c start {"}Windows PowerShell{"} /D {"}%HOMEDRIVE%%HOMEPATH%{"} {"}%WinDir%\system32\windowspowershell\v1.0\powershell.exe{"}
И отметить галку Скрытый запуск.

Может кому-то пригодится..