[yurfed]

два раздела будут видны одновременно если один из них эмулирует CD-ROM »

Лучше флешку превратить в HDD. Тогда с разделами вообще проблем не будет.
Сменный USB накопитель как жесткий диск в Windows
и ещё подобная статья
Превращение USB флешки в жесткий диск