Aster, есть такой плагин:
http://nsis.sourceforge.net/MD5_plugin
Код:
!include logiclib.nsh
OutFile "md5test.exe"
Section ""
md5dll::GetMD5File "${NSISDIR}\makensis.exe"
Pop $0
${If} $0 == 3c49b7e524f015f6c60ba036db5cca8e
MessageBox MB_OK "Сумма $0 совпадает с 3c49b7e524f015f6c60ba036db5cca8e"
${ElseIf} $0 == e7b7ae483d017f00c661b1b975e2c883
MessageBox MB_OK "Сумма $0 совпадает с e7b7ae483d017f00c661b1b975e2c883"
${Else}
MessageBox MB_OK "Сумма $0 не совпадает ни с одним из файлов"
${EndIf}
SectionEnd