Когда-то писал нечто подобное когда из-за изменения имен пользователей перебатонило права. Для админов и для простоюзеров лучше задать права для корневой папки с наследованием, далее (если я правильно понял) имя папки = %username% в домене. т.о. это будет как-то так:
Код:

@echo off
FOR /f %%a IN ('dir * /b /a:d') do icacls %%a /grant:r domain\%%a:(oi)(ci)f 2>>restore_control_error.log
domain подставляем свой.
что касается
(oi)(ci)f то здесь лучше посмотреть
icacls /? (указанные параметры я использовал у себя, насколько они подойдут в данной задаче сказать не могу)
restore_control_error.log смотрим после того как отработает, некоторые папки пришлось редактировать вручную из-за несоответствия папок именам.
это если кого беспокоит вероятность того что права по непонятным причинам могут слететь и/или поломаться от неудачно поставленного чекбокса. Батник пробегается по всей папке с шарами и бэкапит acl. Запускается глубокой ночью из шедулера, ну и работает соответсвенно количеству файлов и папок.
Код:

@echo off
set DAT=%DATE:~6,4%.%DATE:~3,2%.%DATE:~0,2%
icacls d:\shares\* /save d:\acl_backup\d_shares_acl_backup.bak /t /c /q 2>> d:\acl_backup\d_shares_acl_backup_error.log
"C:\Program Files\WinRAR\WinRAR.exe" a d:\acl_backup\%dat%.rar e:\acl_backup\*.bak -df
"C:\Program Files\WinRAR\WinRAR.exe" a d:\acl_backup\%dat%.rar e:\acl_backup\*.log -df