[cameron]

подозреваю, что вам нужно правильно разнести серверы, сайты и сабнеты в оснастке AD Sites and Services.
описание скудновато, чтобы понять большее.

настройка кастомная у обоих днс серверов, тоесть свои зоны я не добавлял »

так кастомная, или "отсебятины" нет?