Винрар умеет сам искать недавно изменённые файлы, для этого используется ключ -tn. Например, -tn30d заархивирует все файлы, изменённые за последний месяц, а -tn24h за сутки. Чтобы было видно русский сохраните в кодировке 866. Добавить в планировщик часов на 10-11 вечера:
Код:

@rem Добавить в архив изменённое за в 24 часa
@rem обрабатывая вложенные папки и совместно используемые файлы
@rem со степенью сжатия 2, сохраняя пути без диска
@rem 3% на восстановление
@rem архив назвать FTP_ГГГГММЧЧ
@rem Откуда и что архивировать:
@set FTPfolder=D:\FTP Folder\pub\*.*
@rem Куда архивировать:
D:
cd "D:\_Backup\FTP"
@title Архивация файлов с FTP
"C:\Program Files\WinRAR\rar.exe" a -tn24h -r -dh -m2 -ep2 -rr3p -agYYYYMMDD FTP_ "%FTPfolder%"
@echo done at %time%!
@title Готово
@rem Ждём минуту, чтобы увидеть результат когда рядом
@ping localhost -n 60 > nul
Другой вариант - посмотрите команду FORFILES /?