Код:

File="config.xml"
With WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
x=Replace(.OpenTextFile(File).ReadAll(),Split(Split(.OpenTextFile(File).ReadAll(),vbCrLf&"key="&Chr(34))(1),Chr(34)&vbCrLf)(0),InputBox("Введите новое значение"))
.OpenTextFile(File,2).Write(x)
End With