[spyphy]

Я ошибся, уже нашёл возможность переключения между нестандартными раскладками по alt-shift в самой винде. Единственное неудобство - не видно текущей раскладки клавиатуры (т.е. будет отображаться RU даже после переключения на EN).

В Puntu Switcher почему-то нет возможности переключаться между RU/EN с помощью комбинации alt-shift, там доступны только варианты Ctrl, Shift, CapsLock, Alt+Space, Ctrl+Space, Win+Space.
Хотя может есть еще похожие программы, надо будет поискать. Спасибо за информацию.