Если вы посмотрите стандартные шаблоны Windows там будут датчики вида
perf_counter[\System\threads]
собственно всё что вам нужно сделать - найти или создать на венде perfcounter нужный вам и прописать в шаблоне windows в заббиксе соответсвующий датчик. Заббикс-сервер дёргает заббикс агента - "алё, считай мне такой-то перфкаунтер".
Получить список доступных вендосчётчиком можно, если не ошибаюсь
Код:

typeperf.exe -qx
Если со стандартными вендовыми perf_counters проблема, напишите скрипт на венде, который будет делать то, что вам нужно и сделайте пользовательский датчик в заббикс-агенте.
Тогда сервер дёргнет заббикс-агента, а заббикс агент выполнит скрипт и вернёт результат его выполнения серверу.
Ещё вариант решения - кроме perf_counters, винда умеет отдавать статистику по SNMP. В этом случае даже заббикс-агент на венде не нужен заббикс-сервер будет опрашивать венду по SNMP.
Что мешает взять стандартные шаблоны для windows?