[mrevilfromhell]

Проблема решилась. Оказывается при создании папки \Windows\SYSVOL\domain\Policies\PolicyDefinitions, было создано хранилище, откуда и будут подгружаться настройки в ГПО. Т.к. туда был скопирован только admx файл с настройками chrome и больше ничего, то пункты и пропали. Но по сути они никуда не пропали, они просто начали игнорироваться, т.к находятся уже не в хранилище. Просто копируем все файлы из папки \Windows\PolicyDefinitions в созданную папку по пути \Windows\SYSVOL\domain\Policies\PolicyDefinitions