Удалить параметр
AutoConfigURL в разделе реестра HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\
Правда снимется ли галочка - не знаю.
Еще здесь посмотрите:
SysAdmin Tips: Disable (via registry) Internet Explorer Automatic Configuration Proxy
Но если это регулируется доменной политикой, то может и не помочь.
