Добрый вечер. Как раз столкнулся с такой же проблемой (я в юзер инит не лезу :D )
Батник примерно такого содержания:
Код:

reg add "HKLM\SOFTWARE\Some_program" /ve /t REG_SZ /d RABOTAY /f
pause
Выводит что операция успешно завершена, но в реестр запись не добавляется и не перезаписывается, в случае существования. Причем если скопировать 1ю строку в командную строку, то все работает. И даже еще интереснее: если вызвать из командной строки этот же самый батник (start C:\1.bat), то все работает. Эта проблема наблюдается на висте, на xp все работает, семерку не пробовал.