Да, если флешка не имеет загрузочного UEFI кода.
Чтоб было понятнее, Мультизагрузочный 2k10 DVD/USB/HDD v.5.4.1 [Ru/En] который имеет в своем составе UEFI совместимые WinPE ведет себя аналогично. То есть без спец. загрузочного UEFI кода (который умеет прописывать Rufus) EFI версии bootmgr + bcd не запустятся.
Я знаю для чего нужен secure boot, и он все время выключен.