Georgio, А если так?
Код:

@echo off
set "in=source.txt"
set "out=destination.txt"
for /f "usebackq delims=" %%i in ("%in%") do echo %%i>"%out%"& goto:#
:#
for /f "usebackq delims=" %%i in ("%in%") do set "last_string=%%i"
echo %last_string%>>"%out%"
или так (начиная со второго For)- а вдруг в файле окажется одна строка?
Код:

for /f "usebackq skip=1 delims=" %%i in ("%in%") do set "last_string=%%i"
IF not "%last_string%"=="" echo %last_string%>>"%out%"