[mwz]

Discount, сценарий на самой флэшке лежит?

Код:

setlocal
set FlashLetter=%~d0
copy "FlashLetter\folder\*.*" C:\temp\

скопирует все файлы из папки folder, лежащей в корне флэшки, с которой запущен батник, в папку c:\temp (папка назначения должна существовать; можно сделать в батнике перед командой копирования проверку на её существование и создание её в случае, если она отсутствует).