[LoyZ]

У меня были подобные симптомы. Совершенно случайно обнаружил, что этот казус пропал после переустановки PuntoSwither, на новую версию.
Вообще изменилось взаимодействие с системой, в частности в Putty, мне не вполне понравилось, то, что при смене раскладки, стал работать "^C", пока что отменил взаимодействие с программами исключениями.
Но я отвлекся, miumiu, Вы посмотрите свой софт, может быть что то тоже взаимодействует с оболочкой не вполне корректно