[Dread Knight]

Во-первых, незачем тебе активные диски менять.
Видимо, тебе кто-то нехорошую сказочку рассказал, что чтобы винда грузилась с диска D, он обязательно должен быть активным - неправда это. Назначение активного диска в том, чтобы BIOS знала, откуда начинать грузить систему, а дальше уже как загрузчик написан, так и загрузка пойдет, хоть вообще из неразмеченой области.  Так что принцип такой: делаешь активным первый раздел, ставишь сначала Линолеум (терпеть его не могу, если честно), потом 2000 (тогда при установке автоматом в меню выбора ОС добавится МЕ, под названием Microsoft Windows), активный раздел не меняешь. и все работает.
Кстати, винды на разные разделы ставить конечно, лучше, но если жалко места - можно ставить на один. Конечно, от этого могут появиться глюки, но только могут, т.е. необязательно появятся. Да и глюки разные бывают.
У меня например 3 винды и дос от 98 стоят на одном разделе - и ничего, работают.