Пока что написал батник для упрощения, по принципу как в MeGUI реализовано
sub.bat
Код:

"C:\Program Files (x86)\Sub\tools\mkvtoolnix\mkvextract.exe" --ui-language en tracks "C:\Users\Denis\Desktop\1.mkv" 2:"C:\Users\Denis\Desktop\1.srt"
"C:\Program Files (x86)\Sub\tools\ffms\ffmsindex.exe" -f "C:\Users\Denis\Desktop\1.mkv" "C:\Users\Denis\Desktop\1.mkv.ffindex"
"C:\Windows\notepad.exe" "C:\Program Files (x86)\Sub\tools\script.avs"
"C:\Program Files (x86)\Sub\tools\x264\x264.exe" --crf 16 --keyint 240 --sar 1:1 --output "C:\Users\Denis\Desktop\2.mkv" "C:\Program Files (x86)\Sub\tools\script.avs"
"C:\Program Files (x86)\Sub\tools\mkvtoolnix\mkvmerge.exe" -o "C:\\Users\\Denis\\Desktop\\1-converted.mkv" "--language" "0:und" "--default-track" "0:yes" "--forced-track" "0:no" "--compression" "0:none" "-d" "0" "-A" "-S" "-T" "--no-global-tags" "--no-chapters" "(" "C:\\Users\\Denis\\Desktop\\2.mkv" ")" "--language" "1:und" "--default-track" "1:yes" "--forced-track" "1:no" "--compression" "1:none" "-a" "1" "-D" "-S" "-T" "--no-global-tags" "--no-chapters" "(" "C:\\Users\\Denis\\Desktop\\1.mkv" ")" "--track-order" "0:0,1:1"
del "C:\Users\Denis\Desktop\1.mkv.ffindex"
del "C:\Users\Denis\Desktop\1.srt"
del "C:\Users\Denis\Desktop\2.mkv"
pause
script.avs
Код:

LoadPlugin("C:\Program Files (x86)\Sub\tools\ffms\ffms2.dll")
LoadPlugin("C:\Program Files (x86)\Sub\tools\vsfilter\VSFilter.dll")
FFVideoSource("C:\Users\Denis\Desktop\1.mkv", threads=1)
#LanczosResize(852,480)
TextSub("C:\Users\Denis\Desktop\1.srt")
Главное условие, конвертируемый файл нужно перепаковать в MKV, чтобы в нем были только видео+1звук+1сабы в таком порядке и никаких лишних дорожек (это можно сделать в mkvtoolnix) и положить на рабочий стол с именем 1.mkv
Остальное будет сделано автоматически. Во время работы будет также открыт на редактирование скрипт. В случае анаморфного разрешения (например MKV H264 720x480 16:9) надо избавиться от анаморфности путем ресайза. Для предотвращения потерь лучше сделать апскейл, то есть нужно расскомментировать и вписать в данном случае LanczosResize(852,480)
Этот способ тоже не самый простой, но значительно проще, чем делать самому в MeGUI.
Достоинства: Используется качественный кодировщик x264 с нормальными параметрами, кодирование crf, сохранение в MKV, звук не перекодируется, для звуковой дорожки не нужно корректировать delay и gaps (они перенесутся в контейнер)
Недостатки: Нужно избавляться от анаморфа подсчитав правильное разрешение, предварительная перепаковка, потеряется исходное имя файла
Кстати, если подсовывать файл 1.srt.style рядом с субтитрами, то можно задавать параметры отображения
Код:

ScriptType: v4.00
[V4 Styles]
Format: Name, Fontname, Fontsize, PrimaryColour, SecondaryColour, OutlineColour, BackColour, Bold, Italic, BorderStyle, Outline, Shadow, Alignment, MarginL, MarginR, MarginV, AlphaLevel, Encoding
Style: Default,Arial,20,&Hffffff,&Hffffff,&H000000,&H000000,0,0,1,2,0,2,10,10,10,0,1
Например вот такой стиль сделает субтитры менее жирными. Fontsize зависит только от аспекта. Например значение 20 комфортно для аспектов 1,66:1 - 1,85:1. На 2,35:1 размер становится маленьким и Fontsize нужно увеличивать. К сожалению совсем от него избавиться нельзя, тогда TextSub будет просто игнорить файл стиля.
И еще надо иметь в виду, в видео с небольшим разрешением (576x248 например) субтитры добавляются некачественно, сказывается маленькое разрешение. Такое видео желательно апскейлить до приемлемых значений (400 по высоте хотя бы).