либо нужен альтернативный <VirtualHost *:80> с другим ServerName, чтобы отловить там левые запросы, либо пробуйте добавить типа этого в vhost
Код:

<If "%{HTTP_HOST} !~ /site\.ru$/">
Require all denied
</If>
это не отменяет того, что нужно искать дыры в софте.