В apache2.conf у меня прописан include virtual host configuration. В нем только sites-enabled/ и conf.d/. В conf.d только настройки по phpmyadmin, которые проверил - чисто. Посмотрел sites-enabled - в нем только файл моего сайта. Проверил файл сайта - только мои домены прописаны. Т.е.:
<VirtualHost *:80>
ServerName
www.имя-сайта.ru
ServerAlias имя-сайта.ru
Ну и вроде остальное чисто.
