Kopejkin, вы в своем сценарии не учли особенности систем 64-бит. Помимо раздельных каталогов для установки 32-бит и 64-бит приложений ("Program Files (x86)" и "Program Files" соответственно), 64-бит версии Windows поддерживают два разных представления реестра - 32-бит и 64-бит (для 32-бит приложений работает
WOW64). Короче, в своем сценарии, установку деинсталлятора вы осуществляете в каталог для 64-бит приложений, а запись о деинсталляции выполняете в 32-бит ветку реестра. В итоге ярлык деинсталляции получается битый и Windows разумно полагает, что ему не место на экране Приложений, и не показывает его. По умолчанию NSIS создает инсталлятор для установки 32-бит приложений. Если требуется установка приложения с учетом 64-бит архитектуры, то в сценарии нужно предусмотреть эти моменты и дать соответствующие команды. В данном случае, при записи в реестр, нужно установить доступ к 64-бит ветке реестра. Делается это командой
SetRegView (почитайте про неё в справке NSIS).
Поэтому, перед командами записи данных в реестр, укажите команду
SetRegView 64. Аналогично и для секции деинсталляции, чтобы корректно удалить записанные ключи.
читать дальше »
Код:

########## ПРИМЕР ##############
!define PRODUCT_NAME "FolderSizes 7"
!define PRODUCT_VERSION ".0.56"
!define BRANDING "PUPKIN"
!include "MUI.nsh"
SetCompressor /SOLID lzma
!define MUI_ABORTWARNING
!define MUI_ICON "${NSISDIR}\Contrib\Graphics\Icons\modern-install.ico"
!define MUI_UNICON "${NSISDIR}\Contrib\Graphics\Icons\modern-uninstall.ico"
!insertmacro MUI_PAGE_DIRECTORY
!insertmacro MUI_PAGE_INSTFILES
!insertmacro MUI_PAGE_FINISH
!insertmacro MUI_UNPAGE_CONFIRM
!insertmacro MUI_UNPAGE_INSTFILES
!insertmacro MUI_UNPAGE_FINISH
!insertmacro MUI_LANGUAGE "Russian"
Name "${PRODUCT_NAME}"
Caption "Установка русификатора ${PRODUCT_NAME}${PRODUCT_VERSION}"
UninstallCaption "Удаление русификатора ${PRODUCT_NAME}${PRODUCT_VERSION}"
OutFile "rus.${PRODUCT_NAME}${PRODUCT_VERSION}_with_reg.exe"
; Установка в каталог для 64-бит приложений!
InstallDir "$PROGRAMFILES64\Key Metric Software\${PRODUCT_NAME}"
RequestExecutionLevel admin
ShowInstDetails show
ShowUninstDetails show
BrandingText "${BRANDING}"
Section "-MainSection"
SetOutPath "$INSTDIR"
File /r "1.txt"
WriteUninstaller "$INSTDIR\unrus.exe"
; Устанавливаем доступ к 64-бит ветке реестра
SetRegView 64
; блок Установка/Удаление программм
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "DisplayName" "${PRODUCT_NAME}${PRODUCT_VERSION}. Удалить русификатор"
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "UninstallString" "$INSTDIR\unrus.exe"
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "DisplayVersion" "1.0"
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "Publisher" "© Pupkin, 03/2014"
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "DisplayIcon" "$INSTDIR\unrus.exe"
WriteRegDWORD HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "NoModify" 0x00000001
WriteRegDWORD HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus" "NoRepair" 0x00000001
SetShellVarContext all
; Ярлыки в меню Пуск - Программы
CreateDirectory "$SMPROGRAMS\${PRODUCT_NAME}"
; в Win8 этот ярлык виден в ПРИЛОЖЕНИЯХ в ЛЮБОМ случае
CreateShortCut "$SMPROGRAMS\${PRODUCT_NAME}\Открыть 1.txt.lnk" "$INSTDIR\1.txt"
; в Win8 этот ярлык виден в ПРИЛОЖЕНИЯХ только при "ОТКЛЮЧЕНИИ" блока "Установка/Удаление"
CreateShortCut "$SMPROGRAMS\${PRODUCT_NAME}\Удалить русификатор ${PRODUCT_NAME}.lnk" "$INSTDIR\unrus.exe"
SetAutoClose false
SectionEnd
Section Uninstall
Delete "$INSTDIR\1.txt"
SetShellVarContext all
Delete "$SMPROGRAMS\${PRODUCT_NAME}\Открыть 1.txt.lnk"
Delete "$SMPROGRAMS\${PRODUCT_NAME}\Удалить русификатор ${PRODUCT_NAME}.lnk"
; Устанавливаем доступ к 64-бит ветке реестра
SetRegView 64
DeleteRegKey HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\${PRODUCT_NAME}rus"
Delete "$INSTDIR\unrus.exe"
SetAutoClose false
SectionEnd
Еще подумайте, что произойдет, если пользователь запустит ваш инсталлятор на 32-бит системе. Полагаю, что необходимо выполнять проверку битности и соответственно ей выполнять те или иные команды установки.