Если изучать линукс - то однозначно на Virtual Box.
Да и на флешке он лишним не будет, хотя на флешку лучше поставить не сам готовый линукс (Убунту,Дебиан), а что-то типа
Parted Magic - для удобства редактирования разделов, клонирования системы и всяких тестов.