В файле продублируйте строки:
Код:

${GetRegistryKeyExists} "HKCU" "Software" "2"
указав ваши данные
1ый параметр - раздел, HKCU, HKLM или HKCR
2ой параметр - ветка, в которой будет происходить поиск
3ий параметр - имя раздела, который определяется
Если хоть 1 из указанных разделов существует - пользователь получит сообщение с ошибкой