По ссылке ниже написано ---
Особенности Advanced Format - эмуляция сектора 512 байт (физический сектор - 4 КБ)
Жесткий диск 1000ГБ Seagate (Samsung) "Momentus ST1000LM024" (SATA II)
Я бы этот хард от греха подальше переразбил и переформатировал ...
Какая у Вас версия Windows установлена...???... А если есть Live CD с Windows 7 или инсталлятор Windows 7, то можно с него загрузиться и отформатировать. --- Выравнивание автоматом будет обеспечено.