Ээээ.... А в чём вы видите проблему? Всё штатно. Средствами Проводника вы не можете изменить атрибуты R и S для папок -- а только у файлов в этой папке (а когда вы перемещаете точку в положение "...применить и ко всем вложенным..." -- то не только на первом уровне, т.е. не только в этой папке не проходя по подкаталогам, но и на всю глубину вложенных папок).
Поскольку эти атрибуты папок определяют их особые свойства, заданные упомянутыми
Blast индивидуальными файлами desktop.ini, но никак не влияют на возможность чтения или записи в такие папки.