[vadblm]

- Den -, ваш хард страдает от быстрого засыпания. У некоторых моделей WD, "зелёных" и некоторых ноутбучных — BPVT, BEVT, может быть и у других производителей, (назовите, кстати, модель своего диска) происходит переход в спящий режим при простое всего в несколько секунд. При этом головки паркуются, издавая характерный щелчок. У вас циклы загрузки/выгрузки проходят очень часто — уже больше 70 тысяч натикало. Это мало что раздражает, так ещё для здоровья диска нехорошо. Лечится либо полным отключением APM, либо указанием вменяемого таймаута для перехода диска в спящий режим, скажем 10 минут.

Почему параметры APM в вашем случае применяются только после перезагрузке мне неведомо, но попробуйте покопаться в оснастке управления питанием, или воспользоваться утилитами типа quietHDD или wdidle3.