Iska,
Проверял на программе putty. Программу продублировал так как писал в своем посте выше.
Путь запуска приложений следующий:
d:\1\01\putty01.exe
d:\1\02\putty02.exe
d:\1\03\putty03.exe
d:\1\04\putty04.exe
d:\1\05\putty05.exe
и т.д.
то, отсутствуют
![Smile](images/smilies/new/smile.gif)
, но в диспетчере задач висят.
Если брать во внимания приложения которые Вы указали в скрипте, то присутствуют и запускаются в минимизированном состоянии.