Glitch, вообще-то «..» — это ссылка на родительский каталог. Надо искать что периодически создаёт эти папки, надо лечить причины, а не просто пытаться бороться с последствиями. Выполните в потребном каталоге:
Код:

cmd.exe /u /c"dir *.* /a>0001.txt"
упакуйте полученный «0001.txt» в архив и выложите сюда.