[Iska]

Как убрать галочку запуска программы, после завершения установки? »

Насколько я понимаю — никак. Эти Custom Actions не отнесены ни к одной задаче. Разве что извлечением содержимого и скрипта инсталляции, правкой последнего и создания новой инсталляции.