Как понимаю, у вас ОЕМ-версия, которая переустанавливается до заводских параметров, на новый жёсткий диск только в сервис-центре производителя, или у сборщика систем.
Программы, в любом случае нужно переустанавливать и активировать их, если они лицензионные.
А всё остальное, легко переносится стандартными методами:
http://windows.microsoft.com/ru-RU/w...sked-questions
Перенос файлов и параметров: вопросы и ответы