1 Звуковая дорожка кодируется вместе с изображением в vob файле
2 Обычно кодируетя сразу несколько звуковых дорожек.
3 Есть средства (т.к. с Windows не работаю - в нём только играю

то я не могу назвать Win программ) , которые позволяют выдрать одну звуковую дорожку и вместо неё положить свою. Причём это занимает 15-20 минут.