Для Win XP:
Код:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
-запуск программ при входе текущего пользователя в систему.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
-запуск программ один раз, при входе текущего пользователя в систему.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
-запуск программ при входе, для всех пользователей системы.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
-запуск программ один раз, при входе для всех пользователей системы.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
-запуск программ один раз, при старте системы до входа пользователей.
Создайте строковый параметр в нужном разделе и пропишите путь к батнику, можно с параметрами. Если создать расширяемый строковый параметр, то в пути можно использовать системные переменные.
На всякий случай службы:
Код:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
-запуск программ один раз, при старте системы до входа пользователей.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
-запуск программ при старте системы до входа пользователей.