anderson-7,
Пробуйте отследить, что удаляет точки. Как установить фильтр читаете здесь.
Process Monitor: как отследить приложение, записывающее непонятные файлы на диск Про отслеживание папки там есть.
Как включить отслеживание Process Monitor - ом при загрузке - здесь
Process Monitor – мониторинг включения системы
