[Kvazar]

Stereo MP3 - кодируется отдельно два канала (левый, правый).
Joint stereo MP3 - между двумя исходными каналами (левый, правый) вычисляется разница и кодируется отдельно от основного канала. Короче это как бы моно звук, но с отдельным небольшим по объему каналом, в котором идет разностная информация. При декодировании разностный канал накладывается на основной и получается стерео-звук (изложил коряво, но суть такая вот).

Выбирать нужно Joint stereo, т.к. при одинаковом битрейте качество получается выше, чем при обычном Stereo.